冷面武士波斯王子带着他钟爱的Kaileena从时之岛返回巴比伦，本以为从今以后能过上和平的生活，但是事与愿违，他的家乡被战争梭蹂躏，而他的臣民却反对他。王子很快被他的臣民抓住，Kaileena没有选择余地，她只能牺牲自己释放时之砂来拯救王子。接着王子成为逃亡者，不久，王子发现过去的战斗产生了一个“黑暗王子”，这个邪恶版的王子的灵魂正逐步将他侵蚀。

　　为了迎合众多长期支持的Fans们和吸引更多新玩家，本作溶入了《波斯王子:时之砂》和《波斯王子:武者之心》的精华之处，同时也凝聚了育碧开发组的心血与智慧，使得本作更具生气和挑战性。解谜、时间控制、还有前作的多样动作都在本作中得以保留。《波斯王子3》更强调的不再是格斗技巧，而是王子的腾跃能力，也就是技巧的控制，硬拼不再是硬道理。在自由度方面，本作也是大幅提升，玩家可以自由穿梭于巴比伦的街道、屋顶。

　　　下面则是本作的最新要素:上面提到王子发现他还有一个代表邪恶的双胞胎，游戏中因此会出现两位王子。他们分别代表了正义与邪恶。玩家可以选择不同的王子进行游戏，而两位王子的操作及动作设定完全不同，使用不同王子进行战斗的时候感觉会完全不同。邪恶的黑暗波斯王子则像他的名字那样，杀人于无形，善于潜行及巷战技巧。正义的王子则是我们所熟悉的屋顶及平原作战高手。二者选择则要通过游戏中的魔法设定进行，想要从正义王子形态转为黑暗王子形态，玩家需要操纵王子走入“地狱火”中，便可以化身黑暗王子，反之则需要使用一些“回复水”让王子恢复正义状态。对付不同环境下的敌人选择不同状态会是游戏更有乐趣。

　　两个版本的波斯王子是本作的主题，在游戏中，玩家可以使用两个波斯王子的力量和武器，并且两个波斯王子的战斗招式、态度和历史都是不同的。本作将会采用全新的具有极高自由度的战斗系统，让玩家可以用自己的风格与敌人战斗。并且本作中首次引入了《细胞分裂》那样的潜入行动要素，由于波斯王子在本作中是逃犯，因此经常需要以秘密行动的方式神不知鬼不觉的将敌人干掉。